1994年7月初,现年36岁的甘军在任广西信托投资公司上海证券业务部(简称上海证券部)财务室主任期间,受证券部领导的委托,负责帮广西信托投资公司证券部在上海联系融资约900万元的业务。同年7月12日,甘军应家乡博白县教育局出纳邓某的请求,将500万元借款中的200万元,转到由邓某提供并掌握的博白县某鞋厂的银行账号给个体户李某使用。
款项汇出后,甘军、邓某除将他们所控制的200万元中的80万元转给北海某房地产公司外,其余款项均借给个体户李某、杨某使用。甘军为隐瞒事实真相,在制作财务账时采用了不反映500万元汇款去向的手段做账。甘军擅自借款一事被查出,北海某房地产公司已归还380万元,博白县某鞋厂则陆续归还52万元,至今仍有68万元未能追回。
2004年9月16日,甘军涉嫌挪用公款罪被刑事拘留。
2005年5月20日,南宁市检察院指控甘军犯挪用公款罪依法向法院提起公诉。